MW801350.1.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html Tandem Repeats Finder Program written by: Gary Benson Program in Bioinformatics Boston University Version 4.09 Please cite: G. Benson, "Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences" Nucleic Acid Research(1999) Vol. 27, No. 2, pp. 573-580. Sequence: MW801350.1 UNVERIFIED: Mallotus philippensis chloroplast sequence Parameters: 2 7 7 80 10 50 500 Length: 161059 Tables: 1 2 This is table 1 of 2 ( 160 repeats found ) Click on indices to view alignment Table Explanation ---------------------------------- -------- -------- ----------- --------- --------- ------- ---- ---- ---- ---- --------- Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 567--611 20 2.2 21 84 11 67 40 8 0 51 1.33 614--662 14 3.5 14 83 10 73 36 0 4 59 1.17 577--674 29 3.4 28 82 9 108 37 3 2 57 1.26 5173--5207 17 2.1 17 100 0 70 51 0 11 37 1.38 5975--6012 13 2.9 13 96 0 67 21 7 15 55 1.66 6031--6059 15 1.9 15 100 0 58 17 27 6 48 1.72 7778--7802 13 1.9 13 100 0 50 28 8 0 64 1.22 7752--7807 24 2.3 23 82 8 67 28 8 0 62 1.25 8095--8124 15 2.0 15 100 0 60 53 0 6 40 1.27 8812--8891 23 3.4 23 87 6 108 56 0 13 30 1.38 8812--8891 12 6.8 12 87 8 103 56 0 13 30 1.38 8812--8892 35 2.3 35 93 6 137 56 0 13 29 1.37 8920--8992 6 11.0 6 81 18 67 50 0 0 49 1.00 8917--8963 11 4.5 11 80 20 64 53 0 0 46 1.00 8933--9002 8 9.5 8 85 14 82 50 0 0 50 1.00 8922--9000 14 5.7 14 81 15 78 50 0 0 49 1.00 8917--8996 11 7.7 11 75 18 57 51 0 0 48 1.00 9009--9033 12 2.1 12 100 0 50 52 0 16 32 1.44 9038--9104 12 5.8 12 72 20 54 62 1 0 35 1.04 9045--9105 13 4.8 13 71 15 56 65 1 0 32 1.02 9114--9162 16 3.1 16 87 0 80 42 2 16 38 1.60 9865--9908 12 3.7 12 88 11 72 25 0 0 75 0.81 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 10024--10054 15 2.1 15 93 0 53 32 6 0 61 1.21 10252--10286 18 2.0 18 94 5 63 37 11 0 51 1.38 10442--10470 14 2.1 14 100 0 58 13 13 6 65 1.45 12817--12849 16 2.0 17 88 5 50 33 12 3 51 1.54 13431--13476 18 2.4 19 76 23 51 43 10 4 41 1.59 13480--13548 31 2.2 31 92 0 111 42 10 2 44 1.53 13496--13548 15 3.5 15 74 5 52 43 11 3 41 1.58 13479--13535 16 3.6 16 71 4 53 40 8 1 49 1.44 13618--13674 26 2.3 24 82 14 71 66 0 8 24 1.20 13617--13702 14 6.2 14 71 16 56 61 1 8 29 1.32 13680--13726 18 2.7 18 90 9 71 55 8 4 31 1.49 14241--14282 16 2.6 16 88 3 57 71 9 2 16 1.23 17517--17551 16 2.1 17 89 10 54 11 14 0 74 1.08 21988--22088 50 2.0 50 100 0 202 31 26 15 25 1.96 24138--24163 13 2.0 13 100 0 52 30 7 7 53 1.57 30194--30244 22 2.3 22 89 0 75 29 3 9 56 1.49 30913--30940 14 2.0 14 100 0 56 7 35 7 50 1.57 32631--32658 13 2.2 13 100 0 56 53 21 0 25 1.46 32661--32687 13 2.1 13 100 0 54 14 14 0 70 1.17 32889--32940 19 2.7 20 88 5 72 46 13 0 40 1.43 32891--32940 13 4.0 13 94 5 86 46 14 0 40 1.44 32891--32940 6 8.0 6 86 8 64 46 14 0 40 1.44 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 32999--33079 16 5.1 16 98 0 153 76 0 6 17 0.98 32982--33077 32 3.0 32 92 3 149 77 0 7 15 0.98 33403--33435 16 2.1 16 94 0 57 45 6 15 33 1.70 37172--37216 22 2.0 23 86 8 65 60 4 6 28 1.42 37252--37294 18 2.4 18 96 3 79 51 0 4 44 1.22 37431--37534 3 34.3 3 67 9 59 59 0 2 37 1.12 37416--37501 33 2.6 33 96 1 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13 94 5 51 80 0 3 16 0.85 55839--55875 19 1.9 19 100 0 74 75 8 10 5 1.17 57943--57990 24 2.0 24 100 0 96 66 12 0 20 1.24 57930--57989 5 12.4 5 78 7 70 65 11 0 23 1.26 58076--58116 8 5.2 8 83 16 59 65 9 2 21 1.34 58076--58124 23 2.1 23 100 0 98 67 8 4 20 1.34 60383--60432 24 2.1 22 82 10 55 80 2 6 12 0.98 60609--60659 18 3.0 16 81 13 57 49 1 3 45 1.32 63545--63570 13 2.0 13 100 0 52 15 7 7 69 1.35 63631--63675 12 4.0 12 77 16 60 31 2 0 66 1.04 63633--63675 21 2.0 21 95 0 77 30 2 0 67 1.03 63706--63747 17 2.4 18 88 4 68 28 2 0 69 1.01 63770--63807 19 2.0 19 100 0 76 52 0 0 47 1.00 63773--63829 19 3.2 17 85 12 71 57 0 3 38 1.16 63777--63832 17 3.2 16 87 10 67 55 0 3 41 1.17 66444--66469 13 2.0 13 100 0 52 46 0 7 46 1.31 67314--67345 16 2.0 16 100 0 64 37 0 25 37 1.56 68667--68705 19 2.1 19 100 0 78 41 5 15 38 1.69 69071--69107 19 1.9 19 94 0 65 29 8 8 54 1.59 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 69727--69794 3 23.0 3 72 14 52 30 1 5 61 1.28 69718--69792 11 7.2 11 70 20 54 30 1 5 62 1.25 70065--70115 25 2.0 25 92 0 84 33 1 1 62 1.17 70084--70169 17 4.2 20 71 24 65 25 5 1 67 1.20 70085--70169 15 5.6 14 81 15 82 25 5 1 67 1.21 70095--70184 9 10.2 9 69 21 57 23 7 1 67 1.23 71910--71953 22 1.9 23 86 9 63 72 0 6 20 1.07 71930--71967 14 2.6 15 91 8 69 71 0 5 23 1.07 71973--72030 8 7.1 8 92 2 71 60 0 8 31 1.27 71979--72057 16 5.1 16 82 13 94 62 0 8 29 1.26 71992--72063 4 17.8 4 73 2 63 63 0 9 26 1.25 71992--72057 8 8.6 8 79 15 77 63 0 9 27 1.24 72839--72871 13 2.3 15 90 10 52 36 6 0 57 1.23 72847--72891 18 2.6 17 83 13 56 42 2 0 55 1.12 72873--72898 13 2.0 13 100 0 52 46 0 0 53 1.00 72992--73082 12 7.8 12 75 22 77 58 1 3 37 1.22 72992--73044 21 2.5 22 93 6 99 58 0 3 37 1.16 72998--73082 21 4.8 17 76 19 52 58 1 3 36 1.23 74812--74859 24 2.0 24 100 0 96 33 4 16 45 1.67 75373--75418 16 2.7 17 86 10 67 56 0 0 43 0.99 75450--75492 14 3.3 14 90 9 65 65 0 4 30 1.13 75543--75641 2 51.5 2 71 7 62 59 0 4 36 1.16 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 75534--75664 37 3.6 37 88 7 182 61 0 6 32 1.21 75542--75641 10 10.7 9 74 14 69 60 0 4 36 1.16 80449--80503 19 2.9 19 81 5 67 30 7 0 61 1.23 80461--80493 11 2.9 11 95 4 57 33 3 0 63 1.10 83140--83185 24 1.9 24 86 0 65 26 28 15 30 1.96 85733--85806 17 4.5 17 88 8 91 27 0 9 63 1.25 85750--85802 8 6.4 8 87 8 79 26 0 9 64 1.24 85751--85802 25 2.1 25 89 7 61 26 0 9 63 1.25 85750--85830 42 1.9 41 80 14 94 29 1 7 61 1.31 85799--85850 24 2.2 24 86 6 70 40 3 1 53 1.30 ---------------------------------- -------- -------- ----------- --------- --------- ------- ---- ---- ---- ---- --------- Tables: 1 2